甲真菌病的诊断是依据临床表现及真菌学检查（镜检和培养）而确定。灰指甲应注意与牛皮癣、湿疹、扁平苔薛、连三卖性肢端皮炎等疾病引起的甲改变及先天性厚甲症等鉴别。这些甲病常波及多个指甲并呈对称分布,而甲真菌病常先起于一个指甲,其他邻近甲可以正常，根据各疾病相应约其他部位典型皮肤损害鉴别不难。本病需和以下甲病鉴别。
兰州北大专科医生介绍：皮肤病是指有关皮肤的疾病，是皮肤(包括毛发和甲)受到内外因素的影响后，其形态、结构和功能均发生变化，产生病理过程，并相应的产生各种临床先后表现。皮肤病的发病很高，反反复作，多比较轻，常不影响患者生命，很多难以治疗。是一种给患者造成巨大身心并影响生活质量的疾病，较明显就是瘙痒和皮肤外观改变。
头癣应该与银屑病、脂溢性皮炎及斑秃进行鉴别: 银屑病以成人多见，始自儿童发病较少。除头部有病变外，往往于躯干、四肢伸侧也常受累及。皮损呈斑块、表面附有厚层银白色鳞屑。病损处头发为毛笔状，但其本身无病理改变，即未见断发、脱发以及发干、枯弯曲等。
脂溢性皮炎以成人居多，好发于头部眉部、鼻唇沟、胡须部、腋下，躯干中央及阴阜处。皮疹为红斑、丘疹、表面有油脂状鳞屑。无断发现象、奇痒。
斑秃、俗称“鬼剃头”。发病前多有精神障碍，病变处呈类园形脱发，境界分明，脱发区内既无炎症反应，亦无鳞屑。主观无痒感。上述皮肤病毛发真菌检查皆为阴性。
体癣须与玫瑰糠疹及银屑病进行鉴别：玫瑰糠疹惯发生在躯干和四肢近端，皮疹泛发且对称分布，主要表现为红斑，病损长轴与皮纹或肋骨相平衡，表面附糠状鳞屑。真菌镜检阴性;银屑病多见冬季加重，夏天缓解。余者鉴别内容参照上述。
股癣主要应同神经性皮炎和慢性湿疹鉴别:神经性皮疹及慢性湿疹真菌检查均为阴性外，该两种病未见损害边缘略高于邻近正常皮肤，而且也无夏重冬轻的现象。
手足癣要与湿疹及汗疱疹鉴别:湿疹往往累及手足背面和指趾伸侧，常对称分布。急性型皮疹为多形性损害，慢性者往往见有浸润明显，可呈苔藓样变，色泽暗红，界限一般清楚;汗疱疹好发于手指侧及掌之边缘，常伴发多汗症。以上疾病真菌检查均为阴性。
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